A Triesztben élő író 1913-ban, még a Habsburgok idején született, és miután 1918-ban a várost Olaszországhoz csatolták, gyermekként szemtanúja volt annak, amikor a fasiszták 1920-ban felgyújtották a Szlovén Kultúra Házát, amelyet csak száz évvel később kapott vissza a helyi szlovén közösség.

Mussolini fasiszta diktátor idején megtiltották, hogy az anyanyelvét használja. A második világháború idején több náci koncentrációs tábort járt meg: Olaszország 1943-as kapitulációja után csatlakozott a szlovén ellenállási mozgalomhoz, 1944-ben azonban egy nácibarát szlovén milícia elfogta és átadta a németeknek, akik öt különböző koncentrációs táborban tartották fogva. 

A fasizmussal kapcsolatos és a lágerekben szerzett tapasztalatait a Nekropola (Nekropolisz) című, a kritikusok által nagyra értékelt művében dolgozta fel. Főműve azonban csak 2007-ben hozta el neki a nemzetközi hírnevet, amikor az - 40 évvel a szlovén nyelvű kiadás után - olaszul is megjelent Olaszországban. 

Elkötelezett demokrataként 1966-ban megalapította a Zaliv (Öböl) című folyóiratot, amelyben a demokratikus értékek mellett foglalt állást a jugoszláv kommunista rendszerrel szemben. Egy 1975-ös interjúban elítélte, hogy a jugoszláv hatóságok a második világháború után megöltek 11 ezer németbarát szlovént, emiatt évekre kitiltották Jugoszláviából. A viszony volt hazájával csak azután enyhült meg, hogy Szlovénia 1991-ben elnyerte függetlenségét.

Ljubljana 1992-ben a legjelentősebb kulturális elismeréssel, a Preseren-díjjal ismerte el munkásságát, ennek nyomán Pahor olyan erkölcsi tekintéllyé vált, akire a szlovénok felnéztek. 2009 óta a Szlovén Tudományos és Művészeti Akadémia tagja volt, 102 évesen Szlovénia kulturális nagykövetévé nevezték ki.

A fasizmussal kapcsolatos és a háborúban szerzett élményeinek feldolgozásán kívül műveiben főleg az olaszországi szlovén kisebbség helyzetével foglalkozott, harcolt a veszélyeztetett nyelvekért és kultúrákért. Élete utolsó éveiben is azt tekintette küldetésének, hogy megossza emlékeit, az anyanyelvétől való megfosztását, a fasizmus felemelkedését Olaszországban, a 20. századi totalitárius rendszerekkel szerzett tapasztalatait a fiatalokkal, akikben egy jobb jövő lehetőségét látta. Elbeszélései közül néhányat magyarra is lefordítottak.

Elnyerte egyebek közt a francia becsületrendet, és többször javasolták irodalmi Nobel-díjra is. Trieszt város kulturális díját 2009-ben elutasította, mert annak indoklása nem tett utalást az olasz fasizmussal szembeni ellenállására, egy évvel később pedig Ljubljana díszpolgára címét is elutasította, mert szerinte az első világháború után a szlovén vezetés mostohán bánt az elcsatolt tengermellék szlovén kisebbségével.